L'Ordre est un organisme strictement professionnel chargé de fédérer, défendre et réguler la profession médicale. Cette mission de service public s'exerce aussi bien sur le plan administratif que juridictionnel.
L'Ordre fonctionne de manière démocratique : les membres des conseils de l'Ordre sont élus par les médecins pour un mandat de six années, et sont renouvelés par moitié tous les trois ans.
L'Ordre est présent sur tout le territoire : il se compose de trois structures corrélées respectivement aux trois échelons administratifs français, afin de se situer au plus près des attentes de la population, de l'ensemble des médecins ainsi que des pouvoirs publics. le conseil départemental remplit une fonction administrative (inscription des médecins après vérification de leur qualification, tenue du Tableau, examen et contrôle de l'ensemble des contrats conclus par les médecins, délivrance des autorisations de remplacement, organisation de la permanence des soins…).
Il est également très actif concernant l'entraide et le conseil à apporter aux confrères, et demeure l'interlocuteur des pouvoirs publics au niveau départemental.
Il ne dispose pas d'un pouvoir disciplinaire, mais assure une fonction de conciliation en cas de différends entre médecins, ou entre patients et médecins, préalable nécessaire à la transmission de plaintes. En effet, c'est seulement en cas de non conciliation (ou carence des parties concernées) que le conseil départemental transmet à la chambre disciplinaire de première instance qui siège auprès du conseil régional de l'Ordre, les requêtes déposées à l'encontre des praticiens le conseil régional de l'Ordre quant à lui est l'interlocuteur des instances régionales du système de santé, notamment les agences régionales de santé (ARS) créées par la loi Hôpital, patients, santé et territoires de 2009. Enfin, le conseil national coordonne et harmonise l'activité de tous les conseils ordinaux, et intervient au niveau administratif et juridictionnel. Il est l'interlocuteur et parfois même le conseiller des instances ministérielles et des organismes de santé nationaux.
Quant à ses missions, l'Ordre des médecins rédige et fait évoluer le code de déontologie médicale qui est inscrit dans le code de la santé publique ; il élabore des commentaires pour chaque article afin de faciliter le respect des règles déontologie dans l'exercice quotidien du praticien. Le législateur a doté l'Ordre des médecins d'un rôle administratif pour lui permettre de veiller au maintien des compétences du corps médical et à sa probité. Ainsi, l'Ordre établit et tient à jour le Tableau des médecins qui remplissent les conditions légales requises pour exercer en France (niveau de formation, conditions de moralité, etc.). Il gère l'inscription des médecins à ce Tableau et intervient également à d'autres niveaux (contrôle du libellé des plaques et des mentions dans les annuaires et sur les ordonnances, changement de qualifications des médecins, suivi des contrats signés par les médecins, délivrance des autorisations de remplacement ou d'exercice en lieux multiples…).
La loi a prévu que les médecins qui ne respecteraient pas les principes de dévouement, de compétence et de moralité puissent comparaitre devant leurs pairs au sein d'instances disciplinaires. Les décisions disciplinaires sont toutes fondées sur les articles du code de déontologie :
L'Ordre accompagne le médecin dans un environnement juridique et sociétal complexe, l'aide à l'installation, et facilite leur exercice, notamment pour la rédaction des contrats et des statuts ; il accompagne régulièrement les médecins dans la prévention et la gestion des conflits qui pourraient survenir avec leurs patients ou avec d'autres professionnels de santé. L'Ordre rend un avis préalable sur toutes les conventions conclues entre les médecins et l'industrie pharmaceutique. Au service de tous les confrères, l'Ordre a pour mission d'assister et secourir les médecins en grave difficulté ou leur famille, quelle que soit la source de ces difficultés (décès, maladie, accident, « burn out », addictologie, problèmes financiers ou privés).
L'Ordre des médecins est partenaire des organismes publics de santé et des organisations syndicales, au nom de la défense de la profession et des principes fondamentaux de la déontologie médicale.
Il émet un avis sur un certain nombre de textes réglementaires, dont les conventions négociées avec l'assurance maladie, et s'exprime dans tous les grands débats de santé, nationaux et internationaux, concernant l'éthique ou les évolutions de la pratique médicale.